La chiesa oggi conosciuta come di San Sebastiano in realtà è titolata ai Santi Sebastiano e Rocco ed è localizzata appena fuori dalle mura del centro storico di Paciano. Non è ancora stata trovata una documentazione che consenta di stabilirne con certezza la data di fondazione.
Sembra che alla fine del VI secolo esistesse un Oratorio di San Sebastiano. Probabilmente più piccolo della costruzione attuale, l’oratorio sarebbe stato ampliato nel corso del XV secolo come ringraziamento dei cittadini di Paciano ai Santi San Sebastiano e San Rocco per lo scampato pericolo della peste.
Notizie certe sull’edificio religioso si hanno a seguito di visite pastorali ed apostoliche. In particolare in una di queste, tenutasi nel 1572, Monsignor Paolo Mario Della Rovere ebbe a lamentarsi delle figure a suo giudizio oscene dei santi Sebastiano e Rocco dipinte nelle pareti della chiesa, richiedendone la copertura delle parti intime con un telo di lino.
Frammenti di affreschi importanti sono riconducibili alla scuola di Pietro Vannucci, e dovevano ricoprire la parete di fondo della chiesa, che però fu in parte demolita in occasione della costruzione dell’abside destinata ad accogliere l’altare.
Oggi, rimangono alcune importanti tracce di tali dipinti in attesa di studio.
All’interno era anche un quadro raffigurante la “Madonna del Rifugio con ai lati san Sebastiano e san Rocco” del pittore Bernardino di Mariotto, del XV secolo. Oggi è visibile solo una copia dell’originale conservato presso il Museo parrocchiale don Aldo Rossi.